Celbiologie 1: begrippenlijst:
Begrip/afkorting Uitleg
Celtheorie ● Alle organismen bestaan uit een of meerdere
cellen.
● De cel is de basiseenheid van leven.
● Alle cellen ontstaan uit andere cellen.
Cytologie Beschrijving van celstructuur en andere organellen.
Biochemie Chemie van de cel.
Genetica Erfelijke informatie.
Helderveld-microscopie Lichtmicroscopie met weinig contrast tussen de cellen
omdat de meeste cellen geen kleur hebben.
Fase-contrast en differentiële Lichtmicroscopie waarin het contrast verhoogd wordt door
Kriekemans Kristiaan 1
, interferentie-contrast verschillen in refractie-index (verandering van snelheid
microscopie van licht) te verhogen.
Fluorescentiemicroscopie Lichtmicroscopie waarin een fluorescente stof UV-licht
absorbeert en uitzendt in zichtbaar licht.
Confocale microscopie Lichtmicroscopie waarin een laser een vlak van een cel
die fluorescent gemerkt is belicht. 3D-beeld kan gevormd
worden.
Primaire immunofluorescentie Antilichamen, die fluorescent gemerkt zijn, binden aan
een antigen. Zo kunnen we zien waar een structuur zich
bevindt/ hoe die zich beweegt.
Secundaire Een tweede antilichaam dat bindt op het eerste krijgt nu
immunofluorescentie een kleur die we kunnen detecteren.
Transmissie De elektronen gaan doorheen het specimen en worden
elektronenmicroscopie gefocust op een elektromagnetisch veld.
Scanning De oppervlakte van het specimen wordt gescand door de
elektronenmicroscopie teruggekaatste elektronen te detecteren.
Centrifugatie Een biochemisch hulpmiddel: door een voorwerp
onderhevig te maken aan draaiingen, wordt een
onderscheid gemaakt tussen deeltjes o.b.v. grootte/ vorm/
densiteit.
Chromatografie De scheiding van biomoleculen o.b.v. grootte/ lading/
affiniteit voor een ligand. 2 types:
dunnelaagchromatografie of kolomchromatografie.
Elektroforese Scheiding in een elektrisch veld o.b.v. lading en/ of
grootte.
Modelorganismen Organismen, meestal gemakkelijk te houden in een labo
en die snel groeien, die dienen als observatiemodel voor
een populatie:
● E. Coli voor bacteriën
● S. Cerevisiae voor eencelligen eukaryoten
● Drosophila voor insecten
● C. Elegans voor wormen
● Mus Musculus voor zoogdieren
● Arabidopsis voor planten
Organische chemie Koolstofchemie, de structuren hoeven niet voor te komen
in levende organismen (verschil met biochemie).
Voordelen van koolstof:
● C vormt gemakkelijk covalente bindingen.
● C kan ook met zichzelf binden.
● C kan cyclische producten vormen = aromatische
structuren: stabiel en de elektronen zijn verdeeld
over de gehele ring.
Valentie (van een atoom) Het aantal elektronen dat een atoom moet opnemen op
Kriekemans Kristiaan 2
, de edelgasconfiguratie te bekomen. (vb. C heeft valentie
4).
Primaire structuur van een De aminozuursequentie van N naar C-terminus, is
eiwit belangrijk voor de genetica en bepaalt ook de hogere
structuurniveaus. Hierin zitten ook de zwavelbruggen
tussen cysteïnes: die zijn pas aanwezig na de vouwing in
3D-structuur en zijn dan stabiliserend.
Secundaire structuur van een De positie van aminozuren t.o.v. naburige aminozuren:
eiwit ɑ-helix, ꞵ-plaat, haarspeldbocht.
ɑ-helix Een secundaire structuur die wordt gestabiliseerd door
H-bruggen tussen de NH en CO groepen van de
ruggengraat van een aminozuur dat 3 posities verder
staat en door minimale sterische hindering van de
restgroepen. Ze komen voor hydrofoob en amfipatisch.
Rechtsdraaiend.
Ramachandran-diagram Grafiek die de draaiingshoek weergeeft.
ꞵ-plaat Geheel van twee strengen: maximaal uitgerokken, ook
gestabiliseerd door H-bruggen en minimale sterische
hindering. De strengen kunnen parallel of anti-parallel
zijn. Een streng bevat wel hoeken door de oriëntatie van
gebonden groepen op een centraal C-atoom.
Haarspeldbocht Komt voor bij proline: aangezien die geen H-bruggen kan
vormen.
Eiwitmotieven Een combinatie van verschillende secundaire structuren:
beta-alfa-beta, hairpin loop motief, helix-turn-helix motif.
Tertiaire structuur Gebaseerd op de restgroepen. Fibreuze eiwitten:
Fibroïne, Keratine, Collageen
Fibroïne Samenstelling van twee antiparallele Beta-platen. Komt
vooral voor in zijde: door de aanwezigheid van vooral
kleine aminozuren: glycine, alanine, is het stevig en niet
uitrekbaar, wel plooibaar.
Keratine In haar, wol, nagels. Amfipatische alfa-helices omgerold
tot een coiled coil. Een protofilament is 4 alfa-helices, 8
protofilamenten vormen een intermediair filament. Door
de aanwezigheid van zwavelbruggen is het stijf.
Collageen Extracellulaire stevigheid. Veel glycine, proline en
3-hydroxyproline (hydroxylatie van proline door een
enzym dat vitamine C nodig heeft, bij een tekort werkt het
enzym niet). 3 helices vormen een rechtsdraaiende
pro-collageen. In gelatine.
Globulaire eiwitten Samenstelling van meerdere secundaire structuren,
voorgesteld a.d.h.v. draad- of lintmodel. Bestaat vaak uit
Kriekemans Kristiaan 3
, domeinen: vormt onafhankelijk van de rest van peptide en
voert een specifieke functie uit.
Quaternaire structuur Enkel bij eiwitten met meerdere subeenheden: beschrijft
oriëntatie van de polypeptideketens. vb. Hemoglobine
Hemoglobine Uit 4 subeenheden: 2 alfa en 2 beta: gebonden door niet
covalente interacties. Hierin bepaalt de secundaire
structuur de hogere structuur: door een mutatie van
aminozuur 6 in beta-subeenheid: GLU (zuur) → VAL
(hydrofoob). Val wil binnen in de keten zitten: de ketens
gaan aan elkaar binden: sikkelvorm: stijve cellen die de
bloedbaan kunnen doen verstoppen: wat kan leiden tot
zuurstoftekort.
X-stralen kristallografie Om de structuren te weten te komen. Methode:
● Van eiwit een kristal maken door hanging-drop
methode.
● Onderhevig aan X-stralen: de meeste doorheen
kristal. Soms botsen ze tegen een elektron: treedt
interferentie op.
● Diffractiepatroon gevormd: hangt af van
aminozuur.
● Omzetten naar een elektron densiteit map en de
structuren afleiden.
Ziekte van Alzheimer Twee oorzaken voor degenereren van hersencellen en
zenuwen:
● Amyloïd precursor proteïne → amyloid
Beta-peptide = weinig oplosbaar wat zorgt voor
amyloïde plaques, die accumuleren buiten de
cellen.
● TAU-eiwit stabiliseert de microtubuli: aggregatie
van TAU wat leidt tot vorming van neurofibrillaire
knopen.
Energie De capaciteit om specifieke fysische of chemische
veranderingen te bewerkstelligen:
● Synthetisch werk (nieuwe moleculen maken)
● Mechanisch werk (verandering positie)
● Concentratie werk (beweging tegen
concentratiegradiënt)
● Elektrisch werk (bewegen van ionen)
● Genereren warmte
● Genereren licht (bioluminescentie - fluorescentie =
geen energie nodig)
Foto-autotroof Organisme dat zelf zonne energie gebruikt om
koolstofverbindingen te maken uit CO2.
Foto-heterotroof Organisme dat ook zonne energie gebruikt maar ook
organische moleculen als koolstofbron: sommige
bacteriën.
Chemo-autotroof Organisme dat anorganische verbindingen oxideert voor
Kriekemans Kristiaan 4
Begrip/afkorting Uitleg
Celtheorie ● Alle organismen bestaan uit een of meerdere
cellen.
● De cel is de basiseenheid van leven.
● Alle cellen ontstaan uit andere cellen.
Cytologie Beschrijving van celstructuur en andere organellen.
Biochemie Chemie van de cel.
Genetica Erfelijke informatie.
Helderveld-microscopie Lichtmicroscopie met weinig contrast tussen de cellen
omdat de meeste cellen geen kleur hebben.
Fase-contrast en differentiële Lichtmicroscopie waarin het contrast verhoogd wordt door
Kriekemans Kristiaan 1
, interferentie-contrast verschillen in refractie-index (verandering van snelheid
microscopie van licht) te verhogen.
Fluorescentiemicroscopie Lichtmicroscopie waarin een fluorescente stof UV-licht
absorbeert en uitzendt in zichtbaar licht.
Confocale microscopie Lichtmicroscopie waarin een laser een vlak van een cel
die fluorescent gemerkt is belicht. 3D-beeld kan gevormd
worden.
Primaire immunofluorescentie Antilichamen, die fluorescent gemerkt zijn, binden aan
een antigen. Zo kunnen we zien waar een structuur zich
bevindt/ hoe die zich beweegt.
Secundaire Een tweede antilichaam dat bindt op het eerste krijgt nu
immunofluorescentie een kleur die we kunnen detecteren.
Transmissie De elektronen gaan doorheen het specimen en worden
elektronenmicroscopie gefocust op een elektromagnetisch veld.
Scanning De oppervlakte van het specimen wordt gescand door de
elektronenmicroscopie teruggekaatste elektronen te detecteren.
Centrifugatie Een biochemisch hulpmiddel: door een voorwerp
onderhevig te maken aan draaiingen, wordt een
onderscheid gemaakt tussen deeltjes o.b.v. grootte/ vorm/
densiteit.
Chromatografie De scheiding van biomoleculen o.b.v. grootte/ lading/
affiniteit voor een ligand. 2 types:
dunnelaagchromatografie of kolomchromatografie.
Elektroforese Scheiding in een elektrisch veld o.b.v. lading en/ of
grootte.
Modelorganismen Organismen, meestal gemakkelijk te houden in een labo
en die snel groeien, die dienen als observatiemodel voor
een populatie:
● E. Coli voor bacteriën
● S. Cerevisiae voor eencelligen eukaryoten
● Drosophila voor insecten
● C. Elegans voor wormen
● Mus Musculus voor zoogdieren
● Arabidopsis voor planten
Organische chemie Koolstofchemie, de structuren hoeven niet voor te komen
in levende organismen (verschil met biochemie).
Voordelen van koolstof:
● C vormt gemakkelijk covalente bindingen.
● C kan ook met zichzelf binden.
● C kan cyclische producten vormen = aromatische
structuren: stabiel en de elektronen zijn verdeeld
over de gehele ring.
Valentie (van een atoom) Het aantal elektronen dat een atoom moet opnemen op
Kriekemans Kristiaan 2
, de edelgasconfiguratie te bekomen. (vb. C heeft valentie
4).
Primaire structuur van een De aminozuursequentie van N naar C-terminus, is
eiwit belangrijk voor de genetica en bepaalt ook de hogere
structuurniveaus. Hierin zitten ook de zwavelbruggen
tussen cysteïnes: die zijn pas aanwezig na de vouwing in
3D-structuur en zijn dan stabiliserend.
Secundaire structuur van een De positie van aminozuren t.o.v. naburige aminozuren:
eiwit ɑ-helix, ꞵ-plaat, haarspeldbocht.
ɑ-helix Een secundaire structuur die wordt gestabiliseerd door
H-bruggen tussen de NH en CO groepen van de
ruggengraat van een aminozuur dat 3 posities verder
staat en door minimale sterische hindering van de
restgroepen. Ze komen voor hydrofoob en amfipatisch.
Rechtsdraaiend.
Ramachandran-diagram Grafiek die de draaiingshoek weergeeft.
ꞵ-plaat Geheel van twee strengen: maximaal uitgerokken, ook
gestabiliseerd door H-bruggen en minimale sterische
hindering. De strengen kunnen parallel of anti-parallel
zijn. Een streng bevat wel hoeken door de oriëntatie van
gebonden groepen op een centraal C-atoom.
Haarspeldbocht Komt voor bij proline: aangezien die geen H-bruggen kan
vormen.
Eiwitmotieven Een combinatie van verschillende secundaire structuren:
beta-alfa-beta, hairpin loop motief, helix-turn-helix motif.
Tertiaire structuur Gebaseerd op de restgroepen. Fibreuze eiwitten:
Fibroïne, Keratine, Collageen
Fibroïne Samenstelling van twee antiparallele Beta-platen. Komt
vooral voor in zijde: door de aanwezigheid van vooral
kleine aminozuren: glycine, alanine, is het stevig en niet
uitrekbaar, wel plooibaar.
Keratine In haar, wol, nagels. Amfipatische alfa-helices omgerold
tot een coiled coil. Een protofilament is 4 alfa-helices, 8
protofilamenten vormen een intermediair filament. Door
de aanwezigheid van zwavelbruggen is het stijf.
Collageen Extracellulaire stevigheid. Veel glycine, proline en
3-hydroxyproline (hydroxylatie van proline door een
enzym dat vitamine C nodig heeft, bij een tekort werkt het
enzym niet). 3 helices vormen een rechtsdraaiende
pro-collageen. In gelatine.
Globulaire eiwitten Samenstelling van meerdere secundaire structuren,
voorgesteld a.d.h.v. draad- of lintmodel. Bestaat vaak uit
Kriekemans Kristiaan 3
, domeinen: vormt onafhankelijk van de rest van peptide en
voert een specifieke functie uit.
Quaternaire structuur Enkel bij eiwitten met meerdere subeenheden: beschrijft
oriëntatie van de polypeptideketens. vb. Hemoglobine
Hemoglobine Uit 4 subeenheden: 2 alfa en 2 beta: gebonden door niet
covalente interacties. Hierin bepaalt de secundaire
structuur de hogere structuur: door een mutatie van
aminozuur 6 in beta-subeenheid: GLU (zuur) → VAL
(hydrofoob). Val wil binnen in de keten zitten: de ketens
gaan aan elkaar binden: sikkelvorm: stijve cellen die de
bloedbaan kunnen doen verstoppen: wat kan leiden tot
zuurstoftekort.
X-stralen kristallografie Om de structuren te weten te komen. Methode:
● Van eiwit een kristal maken door hanging-drop
methode.
● Onderhevig aan X-stralen: de meeste doorheen
kristal. Soms botsen ze tegen een elektron: treedt
interferentie op.
● Diffractiepatroon gevormd: hangt af van
aminozuur.
● Omzetten naar een elektron densiteit map en de
structuren afleiden.
Ziekte van Alzheimer Twee oorzaken voor degenereren van hersencellen en
zenuwen:
● Amyloïd precursor proteïne → amyloid
Beta-peptide = weinig oplosbaar wat zorgt voor
amyloïde plaques, die accumuleren buiten de
cellen.
● TAU-eiwit stabiliseert de microtubuli: aggregatie
van TAU wat leidt tot vorming van neurofibrillaire
knopen.
Energie De capaciteit om specifieke fysische of chemische
veranderingen te bewerkstelligen:
● Synthetisch werk (nieuwe moleculen maken)
● Mechanisch werk (verandering positie)
● Concentratie werk (beweging tegen
concentratiegradiënt)
● Elektrisch werk (bewegen van ionen)
● Genereren warmte
● Genereren licht (bioluminescentie - fluorescentie =
geen energie nodig)
Foto-autotroof Organisme dat zelf zonne energie gebruikt om
koolstofverbindingen te maken uit CO2.
Foto-heterotroof Organisme dat ook zonne energie gebruikt maar ook
organische moleculen als koolstofbron: sommige
bacteriën.
Chemo-autotroof Organisme dat anorganische verbindingen oxideert voor
Kriekemans Kristiaan 4
