Inhoud
Les 1.......................................................................................................................................................1
Les 2.......................................................................................................................................................9
Les 4.....................................................................................................................................................12
Les 5.....................................................................................................................................................18
Les 6.....................................................................................................................................................24
Les 1
De genotype van een organisme wordt beschreven als 3 kleine letters gevolgd door een hoofdletter,
bijv. hisC. Mutaties aan de hisC worden beschreven als hisC1, hisC2 etc.
Het fenotype van een organisme wordt beschreven als een hoofdletter gevolgd door kleine letters
met een + of – en dit staat er voor of het wel of niet aanwezig is. Bijv His -.
Selectable mutation: Bijv medicijn resistensie. Zorgt voor een isolatie van één mutant van een groep
van zon miljoenen parental cells. Het is redelijk makelijk om de mutant te vinden als je maar de
goede omgevingsfactoren hebt. Dit heet selection
Nonselectable mutation: Bijv kleur verlies in organismen met pigmenten. Nonpigmented cells
hebben geen voordeel en nadeel tegenover de gepigmenteerde parental cells. Nonselectable
mutations kunnen alleen gedetecteerd worden door een grote groep kolonies te onderzoeken en te
kijken of er een afwijkende kolonie tussen zit. Dit heet screening. Screening kost meer tijd dan
selection.
Auxotroph: Een gemuteerde stam met een voorkeur voor voedingsstoffen voor groei.
Protroph: de ouderlijke stam waarvan de auxotroph afkomstig van is.
Spontaneous mutations: ontstaan door verkeerde baseparen door DNA polymerase. Ontstaan
zonder externe ingreep.
Induced mutations: ontstaan door menselijke ingrepen. Kan bijv ook ontstaan door stralingen
Point mutations: verandering in één (single) nucleotide paar van een gen.:
Silent mutation: bijv 3’-CCG-5’ wordt 3’-CCA-5’, maar dit wordt vertaald in dezelfde aminozuur. Dit
heeft geen effect op het fenotype en op het aminozuur
Missense mutations: Eén nucleotide paar veranderd. Er ontstaat een ander eiwit.
Nonsense mutations: veranderd een aminozuur codon in een stopcodon. Leidt haast atlijd tot een
niet-functionerend protein.
Transitions: mutatie waarbij een purine base(A of G) is vervangen voor een andere purine. Of
waarbij een pyrimidine(C of T) is vervangen voor een andere pyrimidine.
Transversion: punt mutaties waarbij een purine base is vervangen voor een pyrimidine base of
andersom.
Frameshift mutatie: door insertion of deletion van bases veranderd de codon, waardoor de reading
frame veranderd.
Genetic engineering: het aanpassen van genetisch materiaal in het lab
,Restrictie enzymen(RE): herkennen specifieke DNA sequenties en knippen op die plek. Zijn
essentieel voor clonering. Er zijn 3 verschillende RE:
Type I en 3 binden aan de herkennings sequentie, maar knippen ver buiten deze sequentie
Type 2 knippen in de herkennings sequentie
Restrictie enzymen herkennen palindromes(typische 4 tot 8 stukjes baseparen lang waarbij de
inverted repeat sequentie identiek is. Ecor1 is een belangrijk RE
RE zijn eigenlijk een soort imuunsysteem tegen foreign DNA.
Er zijn sticky en blunt ends. Deze ontstaan door RE:
DNA ligase werkt bij sticky of blunt ends
RE kunnen niet ons DNA knippen. Dit komt door modification enzymes. Deze beschermen DNA
tegen RE. Ons dna is gemethyleerd. Methylatie is een voorbeeld van modification enzymes.
Stappen van PCR:
1. Denaturatie 2. Annealing 3. Extending
Verschillende PCR methodes:
RT PCR(reverse transcription): RNA wordt omgezet naar cDNA. Het enzym reverse transcrptase
wordt gebruikt.
Q PCR)quantitative PCR: er wordt een fluorescent probe toegevoegd dat de hoeveelheid DNA
detecteert.
, Molecular cloning: Stukje DNA naar interesse wordt gekloneerd in een vector. Vectoren zijn meestal
afkomstig van plasmides of virussen:
Les 1.......................................................................................................................................................1
Les 2.......................................................................................................................................................9
Les 4.....................................................................................................................................................12
Les 5.....................................................................................................................................................18
Les 6.....................................................................................................................................................24
Les 1
De genotype van een organisme wordt beschreven als 3 kleine letters gevolgd door een hoofdletter,
bijv. hisC. Mutaties aan de hisC worden beschreven als hisC1, hisC2 etc.
Het fenotype van een organisme wordt beschreven als een hoofdletter gevolgd door kleine letters
met een + of – en dit staat er voor of het wel of niet aanwezig is. Bijv His -.
Selectable mutation: Bijv medicijn resistensie. Zorgt voor een isolatie van één mutant van een groep
van zon miljoenen parental cells. Het is redelijk makelijk om de mutant te vinden als je maar de
goede omgevingsfactoren hebt. Dit heet selection
Nonselectable mutation: Bijv kleur verlies in organismen met pigmenten. Nonpigmented cells
hebben geen voordeel en nadeel tegenover de gepigmenteerde parental cells. Nonselectable
mutations kunnen alleen gedetecteerd worden door een grote groep kolonies te onderzoeken en te
kijken of er een afwijkende kolonie tussen zit. Dit heet screening. Screening kost meer tijd dan
selection.
Auxotroph: Een gemuteerde stam met een voorkeur voor voedingsstoffen voor groei.
Protroph: de ouderlijke stam waarvan de auxotroph afkomstig van is.
Spontaneous mutations: ontstaan door verkeerde baseparen door DNA polymerase. Ontstaan
zonder externe ingreep.
Induced mutations: ontstaan door menselijke ingrepen. Kan bijv ook ontstaan door stralingen
Point mutations: verandering in één (single) nucleotide paar van een gen.:
Silent mutation: bijv 3’-CCG-5’ wordt 3’-CCA-5’, maar dit wordt vertaald in dezelfde aminozuur. Dit
heeft geen effect op het fenotype en op het aminozuur
Missense mutations: Eén nucleotide paar veranderd. Er ontstaat een ander eiwit.
Nonsense mutations: veranderd een aminozuur codon in een stopcodon. Leidt haast atlijd tot een
niet-functionerend protein.
Transitions: mutatie waarbij een purine base(A of G) is vervangen voor een andere purine. Of
waarbij een pyrimidine(C of T) is vervangen voor een andere pyrimidine.
Transversion: punt mutaties waarbij een purine base is vervangen voor een pyrimidine base of
andersom.
Frameshift mutatie: door insertion of deletion van bases veranderd de codon, waardoor de reading
frame veranderd.
Genetic engineering: het aanpassen van genetisch materiaal in het lab
,Restrictie enzymen(RE): herkennen specifieke DNA sequenties en knippen op die plek. Zijn
essentieel voor clonering. Er zijn 3 verschillende RE:
Type I en 3 binden aan de herkennings sequentie, maar knippen ver buiten deze sequentie
Type 2 knippen in de herkennings sequentie
Restrictie enzymen herkennen palindromes(typische 4 tot 8 stukjes baseparen lang waarbij de
inverted repeat sequentie identiek is. Ecor1 is een belangrijk RE
RE zijn eigenlijk een soort imuunsysteem tegen foreign DNA.
Er zijn sticky en blunt ends. Deze ontstaan door RE:
DNA ligase werkt bij sticky of blunt ends
RE kunnen niet ons DNA knippen. Dit komt door modification enzymes. Deze beschermen DNA
tegen RE. Ons dna is gemethyleerd. Methylatie is een voorbeeld van modification enzymes.
Stappen van PCR:
1. Denaturatie 2. Annealing 3. Extending
Verschillende PCR methodes:
RT PCR(reverse transcription): RNA wordt omgezet naar cDNA. Het enzym reverse transcrptase
wordt gebruikt.
Q PCR)quantitative PCR: er wordt een fluorescent probe toegevoegd dat de hoeveelheid DNA
detecteert.
, Molecular cloning: Stukje DNA naar interesse wordt gekloneerd in een vector. Vectoren zijn meestal
afkomstig van plasmides of virussen:
