Samenvatting Biomedische Informatie en Informatieverwerking

SAMENVATTING BIOMEDISCHE
INFORMATIEVERWERKING

Hoofdstuk 1: Wat is wetenschap? .............................................................................................................................................. 2
1.1 Inleiding ......................................................................................................................................................................... 2
1.2 Wetenschapsgroeperingen ............................................................................................................................................ 2
1.3 Invloed van wetenschap ................................................................................................................................................ 2
1.4 Evolu e van de wetenschap........................................................................................................................................... 3
1.5 BMW en communica e ................................................................................................................................................. 3
Hoofdstuk 2: Inleiding tot het biomedisch wetenschappelijk onderzoek ................................................................................... 4
2.1 Wetenschappelijke benaderingen ................................................................................................................................... 4
2.2 Kennisverwerving ............................................................................................................................................................ 5
2.3 Wetenschappelijke ar kels .............................................................................................................................................. 7
Hoofdstuk 3: Transla oneel wetenschappelijk onderzoek ....................................................................................................... 10
3.1 Wat is transla oneel onderzoek? .................................................................................................................................. 10
3.2 Verloop van transla oneel onderzoek ........................................................................................................................... 11
3.3 Factoren succesvolle transla e ...................................................................................................................................... 14
Hoofdstuk 4: Binair tellen en informa etheorie ....................................................................................................................... 14
4.1 Shannon’s informa e theorie ........................................................................................................................................ 14
4.2 Het binair talstelsel ........................................................................................................................................................ 15
4.3 Genera eve AI ............................................................................................................................................................... 17
Hoofdstuk 5: Databanken ......................................................................................................................................................... 21
5.1 Publieke Databanken ..................................................................................................................................................... 21
5.2 Rela onele Databanken ................................................................................................................................................. 24
5.2.1 Algemeen ............................................................................................................................................................... 24
5.2.2 Werking van databanken ....................................................................................................................................... 26
5.2.3 De rela onele databank ......................................................................................................................................... 27
Hoofdstuk 6: Open Science en Research Data Management ................................................................................................... 31
6.1 Wat is open science? ..................................................................................................................................................... 31
6.2 Historiek ........................................................................................................................................................................ 31
6.3 Open acces .................................................................................................................................................................... 33
6.4 Hergebruik data en licen es .......................................................................................................................................... 33
6.5 Research Data Management.......................................................................................................................................... 34
Hoofdstuk 7: Wetenschappelijke integriteit ............................................................................................................................. 39
7.1 Wat is integriteit? .......................................................................................................................................................... 39
7.2 Wetenschappelijke integriteit ........................................................................................................................................ 39
7.3 Wetenschappelijk wangedrag: The Tuskegee Syphilis Exeriment .................................................................................. 43
Hoofdstuk 8: Paswoorden en beveiliging ................................................................................................................................. 44

1

,Hoofdstuk 1: Wat is wetenschap?
1.1 Inleiding
 Defini e wetenschap:
Wetenschap is een systema sch gebeuren waarbij er kennis wordt opgebouwd en wordt
georganiseerd onder de vorm van testbare verklaringen en voorspellingen.
 Science is afgeleid van het La jnse woord ‘Scien a’ wat staat voor kennis. (Noot:
opbouwen van kennis ≠ wetenschap)
 Wetenschappelijke methodes om kennis op te bouwen:
- Testbare hypotheses
- Gecontroleerde experimenten
- Wetenschappelijke communica e
 Benaderingen van de wetenschappelijke methode:
- Het empirisme: een filosofische stroming waarin gesteld wordt dat kennis
voornamelijk of geheel voortkomt uit de ervaring.
- Het ra onalisme: een filosofische stroming die vertrekt vanuit het idee dat de rede
de enige of voornaamste bron van kennis is.
 Organisa e van kennis kan op verschillende manieren:
- Databanken (met ruwe data/met publica es), tabellen, wetenschappelijke literatuur
- Bv. Darwin hee de evolu etheorie ontwikkeld zonder de kennis van het bestaan
van genen en eiwi en en moleculen en nog geen enkel moleculair experiment hee
zijn theorie tegengesproken  manier van onderzoek: verzamelen-waarnemen-
interpreteren

1.2 Wetenschapsgroeperingen
 Natuurwetenschappen: wiskunde, fysica, scheikunde, biologie, geografie, geologie, …
 Cultuurwetenschappen: sociologie, psychologie, criminologie, taalwetenschappen, …
 BMW is een combina e tussen de natuurwetenschappen (fysica, wiskunde en
chemie) maar het hee ook grote raakvlakken met de sociale wetenschappen
(psychologie, sociologie, criminologie en economie)
 Pseudowetenschap: een ac viteit waarvan beweerd wordt dat ze wetenschappelijk is maar
het eigenlijk niet is omdat ze de toets van het wetenschappelijk onderzoek niet doorstaan
omdat ze gebaseerd zijn op ‘wishfull thinking’, fraude, geldgewin of bijgeloof.
 Bv. Homeopathie, astrologie, crea onisme, handoplegging  begin van ‘fake news’

1.3 Invloed van wetenschap
 Impact van de wetenschap:
- Motor van de industriële evolu e en geneeskunde
- Digitale revolu e
- Soms nega ef:
 Niet commercialiseerbaar
 Zenuwgas, atoombom etc.
 Rela e tussen wetenschap en maatschappij
- Ethische en morele grenzen
 Bv. Een commerciële factor: mag je een patent nemen op het covid-19 vaccin
in crisis jden
 Bv. GGO’s: (= gene sch gemodificeerde organismen)


2

,  Interna onale context van de BMW:
- Iedereen gebruikt de wetenschappelijke methode die gebaseerd is op het westerse
empirisme en de Arabische/Hellenis sche wiskunde
- Noden op verschillende plaatsen zijn verschillend; op bepaalde plaatsen hee men
meer nood aan een bepaald medicijn dan op andere plaatsen
 Bv. Tropische ziekten in Afrika
 Bv. Nemaline myopathie (spierziekte) binnen de Amish-popula e
- Omgevingsfactoren hebben invloed op ziekten/aantal doden; zo dateert de laatst
gerapporteerde dodelijke adderbeet in de benelux uit ’46, in tegenstelling tot India
waar er 35 000-50 000 doden vallen per jaar

1.4 Evolu e van de wetenschap
 Hoe/waarom evolueert de wetenschap:
- Voor sommige onderzoeken wordt er speciaal jd vrijgemaakt
- Steeds meer vermarke ng en transla oneel onderzoek
- De moderne wetenschapper hee steeds meer oog voor toepassingen ipv.
fundamentele wetenschap (die wel belangrijk blij )
 “We weten meer dan vorig jaar dus we kunnen meer dan vorig jaar” vs.
“We kunnen meer dan vorig jaar dus we weten meer dan vorig jaar”
 Wat beïnvloed wetenschap:
- Externe factoren:
 Oorlog: door oorlog willen landen de beste zijn en gaan ze de nieuwste en de
beste technieken proberen gebruiken
 Economie: vraag en aanbod
 Gezondheid: wanneer er bv. een pandemie heerst gaat men zo snel mogelijk
een oplossing zoeken
 Poli ek: meer financiering  meer onderzoek
 Religie: geloofsovertuiging vs. wetenschap
 Ethiek: men laat bepaalde dingen ook al kan het wetenschappelijk gezien wel
- Interne factoren:
 Kennistheorieën
 Wetenschappelijke methodes
 Andere globale visies
 Antropocentrisme: de mens beschouwd zichzelf als de centrale en meest
belangrijke en teit in het universum, maar soms moet men ook kijken naar
andere dingen aangezien planten bv. bijdragen aan voeding, medicijnen, …
 De wetenschapper: de wetenschapper gee informa e over van genera e op
genera e  nood aan goede communica e (zowel online als op papier)

1.5 BMW en communica e
 Communica e op 2 niveau’s:
1. Communica e met peers: de communica e moet gerapporteerd worden in een
zakelijke s jl, moet eenduidig zijn (mag niet op verschillende manieren
geïnterpreteerd kunnen worden). Bij BMW moeten er specifieke vaktermen gebruikt
worden uit het geneeskunde-jargon (en jargon is discipline-specifiek wat vaak kan
zorgen voor miscommunica es). Voornamelijk in het Engels.
2. Communica e met de leek: de communica e moet gebeuren in een eenvoudige taal
en maar moet eenduidig zijn. Men moet jargon en metaforen vermijden.

3

,  Correcte wetenschappelijke communica e: je schrij een bepaald protocol op (waarbij de
volgorde van belang is), zo wordt de reproduceerbaarheid van een onderzoek verhoogd.
M.a.w, als iemand het onderzoek uitvoert op dezelfde manier als op het protocol, bekomt
men het zelfde resultaat.



Hoofdstuk 2: Inleiding tot het biomedisch wetenschappelijk onderzoek
2.1 Wetenschappelijke benaderingen
 Het EMPIRISME: waarnemingen zijn bron van alle kennis
- Deduc e vs. Induc e:
Deduc e Induc e
Van algemeen naar specifiek Van specifiek naar algemeen
Het afleiden van een nieuwe stelling/ Men gaat een zintuiglijke waarneming
bewering/hypothese uit bestaande doen en zo een objec eve mening
stellingen of theorieën vormen
Gebruikt door Aristoteles Moderne wetenschappelijke methode,
bedacht door Francis Bacon
Bv. Alle honden blaffen (aanname)  Bv. Een eerste hond bla , een tweede
mijn huisdier bla  mijn huisdier is hond bla , een derde hond bla  alle
een hond honden blaffen
- Aanhangers:
 Locke en Hume: (het brits empirisme): het aantal waarnemingen is eindig en
de waarneming is de bron van alle kennis
 Andreas Vesalius: bracht een anatomische atlas uit door het uitvoeren van
een dissec e van een menselijk lichaam
 Newton
 Karl Popper: filosoof, 3 stellingen;
1. Wetenschap is een proces van gissing en weerlegging.
2. Theorieën worden vervangen door betere theorieën.
3. Eén weerlegging is sterker dan een oneindig aantal beves gingen van
de hypothese.
- Noot: waarnemingen met onze ogen zijn vaak minder nauwkeurig dan die van een
specifiek apparaat, daarom is technologie een heel belangrijk aspect omdat een
bepaalde technologie een onderzoek op steeds dezelfde manier zal uitoefenen.
- 2 varianten:
Reduc onisme (traag maar solide) Systeembiologie (≈ systeembenadering)
(snel maar vaak niet gevalideerd)
Een complex systeem kan opgesplitst het gedrag of de werking van het
worden in individuele (enkelvoudige systeem is niet enkel en de som van de
func es) componenten, door alle eigenschappen van de aparte
aparte componenten te bekijken en componenten van dat systeem, er
samen te leggen kun je het grote geheel ontstaan nieuwe eigenschappen die
te zien  1 tot enkele moleculen enkel het systeem hee (globaler) 
worden bestudeerd (volledige kennis) volledige systeem bestudeerd (maar
slechts 1 molecule onderzocht), focus
op dynamiek  beperkte kennis



4