Contents
7. Data-analyse en Databanken..............................................................................................................2
7.1. Literatuur.....................................................................................................................................2
7.1.2. Data repositoria....................................................................................................................2
7.1.3. Data platformen....................................................................................................................2
7.2. Data-analyse................................................................................................................................3
7.2.1. Annotatie van genlijsten.......................................................................................................3
7.2.2. Interactienetwerken (3.4.4.2.)..............................................................................................4
7.2.3. Structuuranalyse van biomoleculen (3.4.4.3.)......................................................................4
, 7. Data-analyse en Databanken
Vroeger bottle neck om data te generenen Nu bottle neck om date te verwerken.
7.1. Literatuur
Pubmed & web of science: Peer reviewed artikels (onderzoek artikels en literatuuroverzichten
(reviews))
Sci-hub: Gratis toegang tot gepubliceerde artikels normaal betalend in tijdscrhiften.
erg controversieel!
Google scholar: peer reviewed artikels & zeer recente artikels
Preprint servers: Artikelen die vaak nog geen peer review ondergaan hebben kwaliteit zeer
variabel! Meest recente onderzoeksresultaten gratis delen.
JoVE (Journal of Visualized Experiments): Peer reviewed video’s van methoden en protocollen,
slechts beperkt gratis.
Patenten (= octrooien):
- Een exclusief recht op het commercieel exploiteren van een uitvinding
- Omvat ook een publicatie van de uitvinding
- Te bekijken in specifieke databanken (bv. Espacenet, The lens, etc.)
7.1.2. Data repositoria
- Data portalen van waarop ‘ruwe’ (= nog niet geanalyseerde) data kunnen worden
gedownload
- Zoeken via ‘accesion number’ uit publicatie of via zoektermen
- Laat toe om dure -omics datasets te hergebruiken voor nieuwe onderzoeksvragen
GEO (Gene Expressio Omnibus): RNA expressie datasets
PRIDE database: Maasa spectrometrie proteomics datasets
PDB (Protein Data Bank): 3D structuurinformatie van eiwitten
7.1.3. Data platformen
- Data portalen van waarop data kunnen geraadpleegd worden, vaak op een visueel
attractieve manier
- Laat toe om zaken gemakkelijker op te zoeken
7.1.3.1. DNA
Genome browsers:
- Ensembl, UCSC
- Genomische locatie, gensequentie, alternatieve transcripten, etc. van een gen opzoeken
- Data ENCODE (ENcyClopedia Of DNA Elements) raadplegen
Genecards: overzicht van informatie over een gen, met links naar meer gerichte data platformen
Ziektegenen:
- OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man):
7. Data-analyse en Databanken..............................................................................................................2
7.1. Literatuur.....................................................................................................................................2
7.1.2. Data repositoria....................................................................................................................2
7.1.3. Data platformen....................................................................................................................2
7.2. Data-analyse................................................................................................................................3
7.2.1. Annotatie van genlijsten.......................................................................................................3
7.2.2. Interactienetwerken (3.4.4.2.)..............................................................................................4
7.2.3. Structuuranalyse van biomoleculen (3.4.4.3.)......................................................................4
, 7. Data-analyse en Databanken
Vroeger bottle neck om data te generenen Nu bottle neck om date te verwerken.
7.1. Literatuur
Pubmed & web of science: Peer reviewed artikels (onderzoek artikels en literatuuroverzichten
(reviews))
Sci-hub: Gratis toegang tot gepubliceerde artikels normaal betalend in tijdscrhiften.
erg controversieel!
Google scholar: peer reviewed artikels & zeer recente artikels
Preprint servers: Artikelen die vaak nog geen peer review ondergaan hebben kwaliteit zeer
variabel! Meest recente onderzoeksresultaten gratis delen.
JoVE (Journal of Visualized Experiments): Peer reviewed video’s van methoden en protocollen,
slechts beperkt gratis.
Patenten (= octrooien):
- Een exclusief recht op het commercieel exploiteren van een uitvinding
- Omvat ook een publicatie van de uitvinding
- Te bekijken in specifieke databanken (bv. Espacenet, The lens, etc.)
7.1.2. Data repositoria
- Data portalen van waarop ‘ruwe’ (= nog niet geanalyseerde) data kunnen worden
gedownload
- Zoeken via ‘accesion number’ uit publicatie of via zoektermen
- Laat toe om dure -omics datasets te hergebruiken voor nieuwe onderzoeksvragen
GEO (Gene Expressio Omnibus): RNA expressie datasets
PRIDE database: Maasa spectrometrie proteomics datasets
PDB (Protein Data Bank): 3D structuurinformatie van eiwitten
7.1.3. Data platformen
- Data portalen van waarop data kunnen geraadpleegd worden, vaak op een visueel
attractieve manier
- Laat toe om zaken gemakkelijker op te zoeken
7.1.3.1. DNA
Genome browsers:
- Ensembl, UCSC
- Genomische locatie, gensequentie, alternatieve transcripten, etc. van een gen opzoeken
- Data ENCODE (ENcyClopedia Of DNA Elements) raadplegen
Genecards: overzicht van informatie over een gen, met links naar meer gerichte data platformen
Ziektegenen:
- OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man):
