Biomedische informatie en informatieverwerking 3
Hoofdstuk 1: Wat is wetenschap? 3
Soorten wetenschappen: 4
Wisselwerking wetenschap en maatschappij 5
Wetenschappelijke benadering 7
Hoofdstuk 2: Inleiding tot het onderzoek 10
1. Wetenschappelijke methode (BMW) 10
2. Hypothesen 11
3. Experiment en onderzoek: data cycle 12
○ patent: 13
4. Meten is weten 14
standaarden en eenheden 14
standaardisering d.m.v. schalen 14
standaardisering bij rapporteren 14
5. Waarneming en interpretatie 15
Het laboratorium als gecontroleerde omgeving 17
Hoofdstuk 3: Biomedisch wetenschappelijk onderzoek en publiceren 18
Onderzoeksbenaderingen 18
Reductionistische benadering 19
Systeembenadering 20
Translationeel wetenschappelijk onderzoek (aparte pwp) 21
T0: basisonderzoek met oog op medische toepassing 22
T1: experimenten → uiteindelijk translatie naar mens 22
T2: patiënten 23
T3: implementatie in kliniek 23
T4: overgang naar populatieniveau 23
Interleukine-5 als therapeutisch target voor behandeling van astma 25
Tips and tricks voor succesvolle translatie 28
Van onderzoek naar publicatie (les 3 dia 9) 33
Structuur v/e wetenschappelijke artikel (les 3 dia 16) 35
Hoofdstuk 4: Wetenschappelijke integriteit 37
Misconduct en wetenschappelijke fraude 38
Publicaties, rankings en impactfactoren 43
Onethisch wetenschappelijk gedrag 45
Verantwoord auteurschap 46
1
,Hoofdstuk 5: Binair tellen 47
Binair tellen is oud 47
Shannon's informatietheorie 47
Bits en staten 47
Maximale en lokale entropie 48
Hoofdstuk 6: Publieke databanken 49
Controlled vocabularies, sleutelwoorden, MeSH, enz. 50
Historiek en evolutie van databanken 51
Enkele veel gebruikte databanken in biomedische wetenschappen 53
Protein data bank (PDB) 55
Ensembl 56
Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM) 57
UniProt 58
Embase 60
PubMed 61
Google Scholar 61
Hoofdstuk 7: Relationele databanken 62
Publieke databanken zijn relationele databanken 62
Structuur van een databank - wat de gebruiker ziet 64
Structuur van een databank - wat de gebruiker niet ziet 64
Practicum: structured query language (SQL) 68
volgorde v/d geïndexeerde kolommen is belangrijk: 70
Hoofdstuk 8: Naar “open science” 71
Wat is “open science” 71
Goede wetenschap vereist communicatie en samenwerking 73
MAAR, nog altijd niet open 74
Argumenten voor open science 74
Argumenten tegen open science 75
Manieren van open science 76
Open access 77
Creative commons en FAIR 78
6 Creative Commons (CC) licenties 79
FAIR 79
Research Data Management (is een competentie) 80
Hoofdstuk 9: Paswoorden & beveiliging 82
Belang van beveiliging 82
Gebruikershandleiding voor paswoorden 84
Password manager 85
2
,Biomedische informatie en informatieverwerking
Hoofdstuk 1: Wat is wetenschap?
wetenschap:
een systematisch gebeuren waarbij kennis wordt opgebouwd en georganiseerd onder de
vorm van testbare verklaringen en voorspellingen
≠ puur opbouwen van kennis
wetenschappelijke methodes voor opbouwen van kennis (BMW):
➔ testbare hypotheses
➔ gecontroleerde experimenten
(niet: bioloog die veldwaarneming doet bv. ooievaars tellen
→ te veel factoren die waarneming kunnen beïnvloeden)
➔ wetenschappelijke communicatie
kennis organiseren (voorbeelden):
➢ tabel van Mendeleev
➢ classificatie en nomenclatuur van organismen (Linnaeus)
➢ classificatie van enzymen (IUBMB)
➢ chemische stoffen (PubChem)
➢ wetenschappelijke literatuur (PubMed)
➢ annotatie van genen i/h menselijk genoom
(https://www.gencodegenes.org/human/)
➢ kankerdata (cBioportal)
➢ evolutieleer
evolutie
→ oude systemen nodig voor overleving zijn nog steeds aanwezig
(→ vergemakkelijking van onderzoek)
● metabolisme (voeding → energie)
● DNA-verdubbeling (let dezelfde 4 basen), gekoppeld aan celdeling
● overschrijving (transcriptie, RNA dezelfde 4 basen)
● vertaling (translatie, eiwitten dezelfde 20 aminozuren)
jonger:
● communicatie tussen cellen
● sociaal gedrag (maar ouder dan ontstaan mens)
3
, Soorten wetenschappen:
natuurwetenschappen (wiskunde, fysica, scheikunde, biologie, geografie, geologie)
cultuurwetenschappen (socio-, psycho- & criminologie, taalwetenschappen, geschiedenis)
wetenschap onderzoeksobject of -middel
archeologie bestuderen van oude nederzetting
(bv. palynologie → wisselwerking met biologie)
biologie gedrag v/e roedel wolven bestuderen van fossielen
sociologie gedrag v/d familie Flodder gebruik van statistiek
wiskunde ontwikkelen van statistiek
raakvlakken en cross-overs: analoge onderwerpen in verschillende wetenschappen
biomedische wetenschappen = opleiding tussen β en γ
enkel wiskunde = exact
voorbeeld PCR: bij een PCR test komt moleculaire biologie
aan te pas, maar ook metrologie, statistiek, …
impact van wetenschap:
● motor v/d industriële evolutie
● motor v/d geneeskunde
● digitale revolutie
ook:
➔ weinig ontwikkelingen onmiddellijk commercialiseerbaar
➔ niet alle ontdekkingen zijn goed
4
Hoofdstuk 1: Wat is wetenschap? 3
Soorten wetenschappen: 4
Wisselwerking wetenschap en maatschappij 5
Wetenschappelijke benadering 7
Hoofdstuk 2: Inleiding tot het onderzoek 10
1. Wetenschappelijke methode (BMW) 10
2. Hypothesen 11
3. Experiment en onderzoek: data cycle 12
○ patent: 13
4. Meten is weten 14
standaarden en eenheden 14
standaardisering d.m.v. schalen 14
standaardisering bij rapporteren 14
5. Waarneming en interpretatie 15
Het laboratorium als gecontroleerde omgeving 17
Hoofdstuk 3: Biomedisch wetenschappelijk onderzoek en publiceren 18
Onderzoeksbenaderingen 18
Reductionistische benadering 19
Systeembenadering 20
Translationeel wetenschappelijk onderzoek (aparte pwp) 21
T0: basisonderzoek met oog op medische toepassing 22
T1: experimenten → uiteindelijk translatie naar mens 22
T2: patiënten 23
T3: implementatie in kliniek 23
T4: overgang naar populatieniveau 23
Interleukine-5 als therapeutisch target voor behandeling van astma 25
Tips and tricks voor succesvolle translatie 28
Van onderzoek naar publicatie (les 3 dia 9) 33
Structuur v/e wetenschappelijke artikel (les 3 dia 16) 35
Hoofdstuk 4: Wetenschappelijke integriteit 37
Misconduct en wetenschappelijke fraude 38
Publicaties, rankings en impactfactoren 43
Onethisch wetenschappelijk gedrag 45
Verantwoord auteurschap 46
1
,Hoofdstuk 5: Binair tellen 47
Binair tellen is oud 47
Shannon's informatietheorie 47
Bits en staten 47
Maximale en lokale entropie 48
Hoofdstuk 6: Publieke databanken 49
Controlled vocabularies, sleutelwoorden, MeSH, enz. 50
Historiek en evolutie van databanken 51
Enkele veel gebruikte databanken in biomedische wetenschappen 53
Protein data bank (PDB) 55
Ensembl 56
Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM) 57
UniProt 58
Embase 60
PubMed 61
Google Scholar 61
Hoofdstuk 7: Relationele databanken 62
Publieke databanken zijn relationele databanken 62
Structuur van een databank - wat de gebruiker ziet 64
Structuur van een databank - wat de gebruiker niet ziet 64
Practicum: structured query language (SQL) 68
volgorde v/d geïndexeerde kolommen is belangrijk: 70
Hoofdstuk 8: Naar “open science” 71
Wat is “open science” 71
Goede wetenschap vereist communicatie en samenwerking 73
MAAR, nog altijd niet open 74
Argumenten voor open science 74
Argumenten tegen open science 75
Manieren van open science 76
Open access 77
Creative commons en FAIR 78
6 Creative Commons (CC) licenties 79
FAIR 79
Research Data Management (is een competentie) 80
Hoofdstuk 9: Paswoorden & beveiliging 82
Belang van beveiliging 82
Gebruikershandleiding voor paswoorden 84
Password manager 85
2
,Biomedische informatie en informatieverwerking
Hoofdstuk 1: Wat is wetenschap?
wetenschap:
een systematisch gebeuren waarbij kennis wordt opgebouwd en georganiseerd onder de
vorm van testbare verklaringen en voorspellingen
≠ puur opbouwen van kennis
wetenschappelijke methodes voor opbouwen van kennis (BMW):
➔ testbare hypotheses
➔ gecontroleerde experimenten
(niet: bioloog die veldwaarneming doet bv. ooievaars tellen
→ te veel factoren die waarneming kunnen beïnvloeden)
➔ wetenschappelijke communicatie
kennis organiseren (voorbeelden):
➢ tabel van Mendeleev
➢ classificatie en nomenclatuur van organismen (Linnaeus)
➢ classificatie van enzymen (IUBMB)
➢ chemische stoffen (PubChem)
➢ wetenschappelijke literatuur (PubMed)
➢ annotatie van genen i/h menselijk genoom
(https://www.gencodegenes.org/human/)
➢ kankerdata (cBioportal)
➢ evolutieleer
evolutie
→ oude systemen nodig voor overleving zijn nog steeds aanwezig
(→ vergemakkelijking van onderzoek)
● metabolisme (voeding → energie)
● DNA-verdubbeling (let dezelfde 4 basen), gekoppeld aan celdeling
● overschrijving (transcriptie, RNA dezelfde 4 basen)
● vertaling (translatie, eiwitten dezelfde 20 aminozuren)
jonger:
● communicatie tussen cellen
● sociaal gedrag (maar ouder dan ontstaan mens)
3
, Soorten wetenschappen:
natuurwetenschappen (wiskunde, fysica, scheikunde, biologie, geografie, geologie)
cultuurwetenschappen (socio-, psycho- & criminologie, taalwetenschappen, geschiedenis)
wetenschap onderzoeksobject of -middel
archeologie bestuderen van oude nederzetting
(bv. palynologie → wisselwerking met biologie)
biologie gedrag v/e roedel wolven bestuderen van fossielen
sociologie gedrag v/d familie Flodder gebruik van statistiek
wiskunde ontwikkelen van statistiek
raakvlakken en cross-overs: analoge onderwerpen in verschillende wetenschappen
biomedische wetenschappen = opleiding tussen β en γ
enkel wiskunde = exact
voorbeeld PCR: bij een PCR test komt moleculaire biologie
aan te pas, maar ook metrologie, statistiek, …
impact van wetenschap:
● motor v/d industriële evolutie
● motor v/d geneeskunde
● digitale revolutie
ook:
➔ weinig ontwikkelingen onmiddellijk commercialiseerbaar
➔ niet alle ontdekkingen zijn goed
4
