Elektroforese en western bot (11)
Methoden voor biomedische wetenschappen
Principe elektroforese
= scheiding van geladen deeltjes doorheen een gel onder invloed van elektrisch veld
Gelsystemen:
1. Agarose
└ Polysaccharide = polymeer van agarobiose
└ Niet-toxisch
└ Horizontale gels
└ Scheiding van nucleïnezuren
2. Polyacrylamide
└ Cross-linked polymeer van acrylamide
└ Neuro-toxisch (acrylamide)
└ Verticale gels
└ Scheiding van eiwitten
! Onder denaturerende condities of natief (3D structuur al dan niet bewaard)
Agarose gel elektroforese
1. Gieten agarose gel = poeder met buffer opwarmen + afkoelen in gelbalkje met kam
2. Staalvoorbereiding = laadbuffer toevoegen aan DNA/RNA
└ Kleurstof om staalmigratie te volgen
└ Glycerol om staal zwaarder te maken dan elektroforesebuffer
3. Gel lopen
4. Visualiseren DNA/RNA via bindende kleurstoffen fluorescent signaal
└ Ethidiumbromide geeft zichtbaar signaal onder UV licht
Toxisch en mutageen / carcinogeen
└ SYBRsafe geeft zichtbaar signaal onder blauw licht
Minder mutageen
Toepassingen:
- Nakijken lengte DNA fragment ladder als referentie
- Scheiden van DNA fragmenten voor opzuivering
- Nakijken integriteit / intactheid van RNA
, Polyacrylamide gel elektroforese (PAGE)
SDS-PAGE = gedenatureerde eiwitten scheiden volgens massa / lengte
SDS toevoegen = ionisch detergent dat bindt aan aminozuren, zorgt voor
ontvouwen eiwit en geeft eiwit uniforme negatieve lading
Mercapto-ethanol , DTT of TCEP toevoegen = voor reductie disulfidebruggen
Opwarming tot 70°C
Stacking gel bovenaan de gel
└ Lager % polyacrylamide
└ Concentreren van staal voor het in scheidingsgel terecht komt
Betere resolutie scheiding en scherpere banden in scheidingsgel
Scheidingsgel onderaan de gel
└ Hoger % polyacrylamide
└ Scheiding van eiwitten volgens massa
Aankleuren van eiwitten
met Coomassie of zilverkleuring
Netto
ladin
Isoelectric focussing (IEF) = scheiding van eiwitten volgens isoelektrisch punt g
bij pH waarbij eiwit geen netto lading heeft
1) Aan lage/hoge pH hebben eiwitten een +/- lading
2) Migratie eiwitten door EV ladingen eiwitten veranderen door pH gradiënt
3) Als eiwit regio bereikt waar pH = pl stopt het migreren omdat het geen lading heeft
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying these notes from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller julievandenabbeele. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy these notes for $5.17. You're not tied to anything after your purchase.