Gene trees opdrachten
A. Een isoform= eiwitten die uit hetzelfde gen komen, maar verschillen in samenstelling.
Deze isoformen kunnen ontstaan door bijvoorbeeld alternative splicing.
Het maakt niet uit welke isoform je neemt, het gene ID is bij alle 3 de isoformen
hetzelfde.
B. Query cover= een percentage over hoe accuraat de zoekopdracht is in vergelijking
met je eigen sequentie.
E-value= hoe vaak dezelfde uitkomst, dus dezelfde grootte in overeenkomst tussen de
zoekopdracht en je eigen sequentie, plaatsvindt als je kans gebruikt.
Ident= wordt in percentage uitgedrukt en laat zien hoe vaak de aminozuren of
nucleotiden op dezelfde plaats in de zoekopdracht en je eigen sequentie zich
bevinden.
C. 1
D. Dit is een fylogenetische boom. Het is ook een cladogram. Je ziet namelijk alleen een
branching pattern: de lijnen van de verschillende sequenties stoppen allemaal bij
dezelfde positie.
We hebben voor deze boom de volgende methode gebruikt: seeded guide trees en
HMM profile-profile technique.
E. Tribolium castaneum
F. Nee, de stamboon komt niet overeen met de daadwerkelijke stamboom. Gambiae is
anders, sommige taxa staan verspreid. De helft van de stamboom staat wel goed, maar
de andere helft niet. Dat zijn namelijk deze taxa: Drosophila pseudoobscura,
Drosophila melanogaster, Ceratitis capitata en Musca demestica
A. Een isoform= eiwitten die uit hetzelfde gen komen, maar verschillen in samenstelling.
Deze isoformen kunnen ontstaan door bijvoorbeeld alternative splicing.
Het maakt niet uit welke isoform je neemt, het gene ID is bij alle 3 de isoformen
hetzelfde.
B. Query cover= een percentage over hoe accuraat de zoekopdracht is in vergelijking
met je eigen sequentie.
E-value= hoe vaak dezelfde uitkomst, dus dezelfde grootte in overeenkomst tussen de
zoekopdracht en je eigen sequentie, plaatsvindt als je kans gebruikt.
Ident= wordt in percentage uitgedrukt en laat zien hoe vaak de aminozuren of
nucleotiden op dezelfde plaats in de zoekopdracht en je eigen sequentie zich
bevinden.
C. 1
D. Dit is een fylogenetische boom. Het is ook een cladogram. Je ziet namelijk alleen een
branching pattern: de lijnen van de verschillende sequenties stoppen allemaal bij
dezelfde positie.
We hebben voor deze boom de volgende methode gebruikt: seeded guide trees en
HMM profile-profile technique.
E. Tribolium castaneum
F. Nee, de stamboon komt niet overeen met de daadwerkelijke stamboom. Gambiae is
anders, sommige taxa staan verspreid. De helft van de stamboom staat wel goed, maar
de andere helft niet. Dat zijn namelijk deze taxa: Drosophila pseudoobscura,
Drosophila melanogaster, Ceratitis capitata en Musca demestica
